De acuerdo al artículo 157 de la Ley de Bancos, el IGD es administrado por un Consejo Directivo, cuyos miembros son nombrados para períodos de 4 años en el cargo, pudiendo ser reelectos.
El Consejo Directivo está integrado por 2 directores nombrados por Banco Central de Reserva, quienes desempeñan los cargos de Presidente y Vicepresidente; y 2 directores nombrados por los presidentes de los Bancos Miembros regulados por la Ley de Bancos, y sus respectivos suplentes.
A partir del 1 de enero del año 2009, con la entrada en vigencia de los cambios a la Ley de Intermediarios Financieros no Bancarios, incluyendo el nombre de dicha Ley, por lo que a partir de su vigencia se denomina Ley de Bancos Cooperativos y Sociedades de Ahorro y Crédito, se creó en el Instituto el Comité de Administración como parte de los Órganos de Dirección, cuyos miembros son nombrados para períodos de 4 años en el cargo, no pudiendo ser reelectos.
El Comité de Administración se integra con el Presidente y Vicepresidente del Instituto, 2 miembros nombrados por los Presidentes de los Bancos Cooperativos y sus respectivos suplentes.
| Presidente Ana Graciela Trejo |
| Vicepresidente Laura Patricia Ayala de Flores |
| Vicepresidente Suplente Leily Melany Mendoza Valladares |
| COMITE DE ADMINISTRACIÓN | CONSEJO DIRECTIVO |
| Bancos Cooperativos | Bancos Comerciales y Sociedades de Ahorro y Crédito |
| Miembros Propietarios | Directores Propietarios |
| Francisco Evelio Cornejo Valencia Jorge Adalberto Aldana Luna | José Raúl Cienfuegos Morales Ana Marcela Trabanino de Barrios |
| Miembros Suplentes | Directores Suplentes |
| Esmeralda Sbetlana Marroquín Martínez José Víctor Portales Henríquez | Carmen Elena Meléndez Rafael Ernesto Mercado Albanez |